Testiranje na respiratorne infekcije

Molekularna dijagnostika virusnih respiratornih infekcija

Korištenje qPCR metode postaje neizostavan element u dijagnostici infekcija respiratornog trakta, osobito u dijelovima populacije s povećanim rizikom: dojenčad, djeca, imunokompromitirane osobe, ljudi starije životne dobi, te osobe s kroničnim bolestima poput dijabetesa, astme, kronične opstruktivne bolesti pluća/KOPB.

Primjena qPCR metodologije omogućuje brzu i preciznu detekciju virusnih markera u uzorcima brisa nazofarinksa. Prema smjernicama Svjetske zdravstvene organizacije qPCR je u odnosu na brze antigenske testove, preporučena metoda za detekciju i genotipizaciju respiratornih patogena.

Kliničarima, uz klasičnu laboratorijsku dijagnostiku (pretrage krvi, bakteriološke pretrage), takva informacija pomaže u odluci o pristupu terapiji i eventualnom izbjegavanju primjene antibiotika.

U PCR testu je dostupno do 8 virusnih markera. Imajući u vidu epidemiološke karakteristike/sezonalnost pojedinih virusnih infekcija, njihovu patogenost i važnost za određene skupine pacijenata, uz sveobuhvatni panel (uključuje svih 8 markera) formiran je i uži panel.

Slijede sažete informacije o grupama virusa zastupljenim u PCR panelima.

SARS-CoV2 (detekcija 3 gena): pripada obitelji Coronaviridae. Izaziva respiratorne infekcije koje ponekad prodiru do donjih dijelova pluća. U nekih ljudi uzrokuje ozbiljna stanja koja zahtijevaju liječenje na odjelima intenzivne skrbi. Prijenos infekcije je kapljičnim putem u većim grupama ljudi, dok je sezonalnost manje izražena.

Influenza A i B virusi: pripadaju obitelji Orthomyxoviridae. Infekcije (epidemije i ponekad pandemije) su tipično zimi, od prosinca do travnja. Izazivaju značajne simptome bolesti, ponekad s teškom kliničkom slikom i sklonošću bakterijskim upalama pluća. Kod male djece su, uz RSV (respiratorni sincicijski virus), najčešći uzročnici ARDS (akutni respiratorni distres sindrom). Osjetljive skupine populacije su mala djeca, ljudi starije životne dobi i imunokompromitirani.

Parainfluenza virusi: pripadaju obitelji Paramyxoviridae. Uz RSV, drugi su najčešći uzročnici hospitalizacija u djece mlađe od 5 godina. Najčešći su uzročnici krupa (laringotraheobronhitis) u djece od 6 mj. do 2 godine starosti. U imunokompromitiranih osoba izazivaju infekcije donjih dijelova pluća.

Rhinovirus (RV): pripadaju obitelji Picornaviridae. Uzrokuju infekcije gornjeg dijela respiratornog trakta tijekom cijele godine, s vrhuncem u jesen i zimu. Infekcije s RV u ranom djetinjstvu su, uz RSV i metapneumoviruse, povezane s povećanim rizikom od razvoja astme. Iako klinički relativno blage, povezane su i s aktivacijom postojeće astme.

RSV (respiratorni sincicijski virus): pripadaju obitelji Pneumoviridae. RSV u male djece izaziva bronhiolitis i najčešći je uzročnik hospitalizacija zbog respiratornih injekcija u dojenčadi i male djece. U odraslih ostaje uobičajeni patogen tijekom cijelog života. Izaziva prehlade, a u starijih i imunokompromitiranih upale pluća. Infekcije su češće zimi.

MPV (metapneumovirus): pripadaju obitelji Pneumoviridae. Prvi puta su 2001. godine identificirani kao uzročnici respiratornih bolesti. Infekcije se najčešće zimi i u proljeće, s kliničkom slikom sličnom RSV infekcijama. Infekcije u djece u dobi od 6-12 mj. mogu biti ozbiljne i zahtijevati hospitalizaciju. Reinfekcije se javljaju u svim dobnim skupinama, a teži oblici bolesti osobito u ljudi s astmom i KOPB. U starijih osoba je MPV po učestalosti teških infekcija usporediv s teškom influencom.

Adenovirusi (AV): pripadaju obitelji Adenoviridae. Infekcije se javljaju tijekom cijele godine, uz moguće epidemije zimi i u proljeće. Raspon simptoma respiratornih infekcija je od prehlade, dugotrajnih grlobolja, do kašlja, povišene temperature, povećanih limfnih čvorova i tonzila (slično streptokoknoj infekciji ždrijela) i simptoma sličnih influenci i RSV infekciji. Oko 20% bronhiolitisa u male djece, osobito mlađe od 2 god. je uzrokovano AV.
Dodatno, Adenovirus je uzročnik 75% konjunktivitisa i keratokonjunktivitisa koji mogu trajati do 3 tjedna i od osobitog je interesa u oftalmologiji.

Molekularna dijagnostika bakterijskih respiratornih infekcija

Panel za molekularnu dijagnostiku bakterijskih uzročnika infekcija dišnog sustava uključuje uzročnike koji se, zbog zahtjevnih uvjeta kultivacije, ili teško ili uopće ne kultiviraju u rutinskoj mikrobiološkoj praksi. Stoga je metoda izbora qPCR, koja je istovremeno i iznimno osjetljiva, specifična i brza pretraga u dijagnostici tih infekcija.

Panel uključuje sljedeće markere:

Bordetella pertussis je uzročnik hripavca (pertusisa) bolesti koju karakteriziraju snažni napadaji kašlja. To je zarazna bolest dječje dobi koja se prenosi kapljičnim putem, a može se spriječiti cijepljenjem. Osoba je najzaraznija u prvom (kataralnom stadiju), prije pojave karakterističnog kašlja, a prestaje biti zarazna tri tjedna nakon pojave kašlja ili nakon pet dana uzimanja ciljane antibiotske terapije. Za pouzdane nalaze testiranja važno je testirati samo pacijente kod kojih se na temelju kliničke slike posumnja na hripavac, dok se kod asimptomatskih osoba testiranje ne preporuča. Također, testiranje će dati najpouzdanije rezultate ako se učini unutar tri tjedna od pojave kašlja te unutar pet dana od početka uzimanja antibiotika. Kašalj može zaostati i do tri mjeseca, čak i nakon provedenog ciljanog antimikrobnog liječenja.

Bordetella parapertussis je uzročnik zarazne bolesti po kliničkoj slici slične hripavcu, ali blažeg kliničkog tijeka.

Chlamydia pneumoniae može uzrokovati atipičnu izvanbolničku upalu pluća praćenu vrućicom i neproduktivnim kašljem koji može zaostati tjednima i mjesecima, čak i nakon adekvatne antimikrobne terapije. Osim upale pluća (pneumonije), može uzrokovati i sinusitis i bronhitis. Kliničke slike mogu varirati od asimptomatskih ili blagih infekcija pa sve do teških. Nakon mikoplazme, C. pneumoniae drugi je najčešći je uzročnik atipičnih bakterijskih pneumonija.  

Mycoplasma pneumoniae slično kao C. pneumoniae, uzrokuje atipične izvanbolničke upale pluća, a kašalj može varirati od minimalno produktivnog do vrlo snažnog, tipično trajanja dva tjedna ili dulje. Mala djeca, adolescenti i osobe starije od 60 godina osobito su osjetljive na respiratorne infekcije mikoplazmom. Budući da radiološki nalaz pluća kod atipičnih upala pluća (pneumonija) uzrokovanih različitim uzročnicima izgleda slično, dokaz uzročnika PCR metodom važan je korak prema ciljanom liječenju.

Legionella pneumoniae (uzročnik legionarske bolesti) je okolišna bakterija koja obitava u prirodnim izvorima i rezervoarima vode, a može se razmnožiti i u sustavima hlađenja, opskrbe vodom te u sustavima vode grijanim na temperaturama nižim od 60°C. Izvor infekcije je aerosol kontaminirane vode u hotelima, toplicama, rekreacijskim centrima, čak i zdravstvenim ustanovama, stoga je i pojava epidemija obično povezana s navedenim mjestima. Osobito osjetljivi na infekciju su ljudi s kroničnim bolestima pluća, slabijeg imuniteta (imunokompromitirani) te osobe starije životne dobi. Klinička slika uključuje povišenu temperaturu, groznicu, kašalj, te ponekad i simptome probavnog trakta. Oboljeli ne prenose infekciju na druge osobe. Etiološki dokaz uzročnika važan je kako za ciljano liječenje pojedinačnog pacijenta, tako i za provođenje epidemioloških mjera na mjestima koja su izvor infekcije.